Z roku 1335 sa zachovala listina ostrihomského arcibiskupa Čanáda, ktorou potvrdil výmenu majetkov medzi jeho osobou a ostrihomským kanonikom – kustódom Jánom, ktorý daroval arcibiskupovi svoje dve dediny v Novohradskej župe, za čo od arcibiskupa dostal kvarty inak nazývané aj „kaplnky“ a ich filiálky (quartam seu capellam) v štyridsiatich deviatich dedinách prevažne na území Bratislavského archidiakonátu. Jednou z nich sú Budmerice uvedené ako Podmorch. Prvé zmienky o farnosti sú z roku 1390, kedy sa konal súpis Bratislavských (Posoniensis) farností. V zozname sa nachádza aj „parochia Pudmerich„. Z privilegiálnej listiny Leonarda z Pesaria, doktora kanonického práva, záhrebského arcidiakóna a ostrihomského vikára z 13. mája 1390 vieme, že ostrihomský kanonik a subcustos sa sťažoval na bratislavského prepošta Vavrinca a na ďalších farárov a rektorov cirkví patriacich do právomoci bratislavského prepoštstva (contra et adversus Laurentium preposi-tum … et plebanos seu rectores … sub prepositura dicte ecclesie Posoniensis existentes), že farári a rektori sväté oleje a krizmu žiadajú a dostávajú od bratislavského prepošta, čím nerešpektujú svoju vlastnú ostrihomskú cirkev a že v tejto záležitosti práva prináležiace ostrihomskej cirkvi si prepošt zaujal a používa ich vo svoj prospech. V mene prepošta odpovedal bratislavský kanonik Vavrinec, že kvôli spomínaným svätým olejom farári z územia prepošstva vždy chodievali do bratislavskej cirkvi, tie si musia prevziať tam a musia prejaviť vyžiadanú úctu. Farári cirkvi Svätého Martina pre krizmu a posvätné oleje chodievajú do ostrihomskej cirkvi.
Farnosť sa objavuje aj v roku 1397 v Ostrihomských záznamoch. Záznam z roku 1561 hovorí tom, že Podmerycz nemajú farára, kostol sa znovu opravuje a cennosti sú uložené na hrade Červený kameň. Spomína sa katolícke slovensky hovoriace obyvateľstvo. V roku 1634 bola na pravej bočnej stene kostola, prirobená kaplnka, do ktorej bol umiestnený nový oltár.
Počas cisársko – kuruckých bojov bola obec vypálená. 11. augusta 1705 v bitke pri Pudmericiach, cisárske vojská pod vedením Jána Pálffyho, porazili uhorských povstalcov kniežaťa Františka Rákócziho.
V rokoch 1735-1736 sa robila generálna prestavba Budmerického kostola. Až na osemhrannú vežu, pozostatok bývalého gotického kostola, bol nový kostol postavený v románskom štýle.
Z nového kostola sa Budmeričania dlho netešili, 21. mája 1774 zhorel a s ním aj fara a väčšina dediny. Požiar vznikol vo vojenskom dome a z kostola ostali len holé múry. Bolo treba postaviť novú faru a obnoviť kostol. V roku 1782 sa už znovu posvecoval, ale dokončený ešte nebol.
Keď do Budmeríc prišiel Jozef Balko bolo treba dokončiť oltáre, namaľovať kazateľnicu, organ a časť hlavnej lodi kostola ešte nebola obhádzaná. Keďže Budmerický farár Jozef Balko bol vychovávateľom grófskych synov, Červenokameňské panstvo bolo k nemu štedré a v Budmericiach vyrástla krásna poschodová fara s osobitnou kaplnkou pre farára a bohatou knižnicou. V obnovenom kostole postavili bočný oltár sv. Jána Nepomúckeho s olejomaľbou od maliara G. Schneidera a ďalšiu jeho olejomaľbu, sv. Jána Krstiteľa, umiestili nad novú mramorovú krstiteľnicu. Z toho obdobia pochádzajú aj obrazy Krížovej cesty a nové hodiny na veži. Vo veži boli vtedy dva zvony.
Tretí zvon pribudol pri veľkých opravách za farára Štefana Mráza v roku 1869. Vedľa novej fary bola v tom čase postavená jednoposchodová budova Budmerickej školy, ktorá tam stála až do roku 1987. Ako škola slúžila do školského roku 1960/61, potom tam bola požiarna zbrojnica a holubári. Budova Balkovej fary bola zbúraná v roku 1995 a až do roku 2000 Budmerice nemali faru. Budmerický farár býval v Doľanoch, ktoré vtedy nemali vlastného farára a Budmerický tam zastupoval.
